وثيقة
A study of the genetic variant of lactase persistence in Dhofar, Oman
الناشر
Sultan Qaboos University
ميلادي
2009
اللغة
الأنجليزية
الموضوع
الملخص الإنجليزي
In most mammals and in some humans, the level of the enzyme lactase declines after weaning. However, some humans develop a condition known as lactase persistence (LP) where the levels of lactase remain high during adulthood as a result of a mutation that took place thousands of years ago. This mutation occurred in the enhancer region of the LCT gene which is located in the neighboring MCM6 gene. The evolution of lactase persistence is believed to be a result of natural selection due. to the development of cattle domestication and milk consumption among pastoralist groups. The frequency of lactase persistence varies from one geographic region to another, and is found to be very high in North Europe and in pastoralist Arab and African groups. In Oman, the highest frequency of lactase persistence was observed in the Southern region of Oman, Dhofar. The Single nucleotide polymorphisms (SNPs) responsible for lactase persistence vary from one ethnic group to another, and the one found at a very high frequency of 0.74 in Dhofar is known as the G-13915 polymorphism. Because of this high allele frequency, it is hypothesized that this mutation originated in Southern Arabia as a result of a strong recent selective pressure. In order to trace the origin of the G-13915 polymorphism and to estimate its age in Dhofar, samples from three Omani sub-populations; Northern Omanis, Omanis of Asian origin and Southern Omanis (Dhofarians) were collected. The samples were analyzed for ten Short Tandem Repeats (STRs) that cover an area of 118 Mb of the q arm of chromosome 2 and for fourteen SNPs that cover an area of 3.5 Mb and flank LCT and MCM6 genes. Data obtained were used to construct haplotypes that compared the three Omani sub-populations and traced the age and origin of the G 13915 mutation. The results of the study revealed that Dhofarians are different from the other two subpopulations at the LCT locus in both; the haplotypes they carry and the genetic distance between them and the other groups. The genetic distance between Dhofarians and Northern Omanis (Fst = 0.529, p<0.001) is greater than between Northern Omanis and Omanis of Asian origin (Fst = 0.0307, p<0.05) at the G-13915 locus. However, Evidence for natural selection was obtained in Dhofar for the G-13915 mutation, which had the highest Fst value than any other marker typed in the study (Fst = 0.372, p = 0.005). The age of the mutation in Dhofar was found to be 2178 5550 years, which supports the hypothesis that the mutation has originated in Southern Arabia and is probably due to selective pressure.
الوصف
Thesis
المجموعة
URL المصدر
الملخص العربي
تتناقص معدلات انزيم اللاكتيز (انزيم الحليب بعد مرحلة الفطام لدى جميع الثدييات و كذلك لدى معظم البشر. بالرغم من ذلك، تتطور لدى بعض المجموعات العرقية البشرية حالة تسمى ببقاء اللاكتيز، حيث تظل معدلات اللاكتيز مرتفعة في جسم الإنسان حتی بعد تجاوزه مرحلة البلوغ. هذه الحالة هي نتاج طفرة وراثية يرجع تاريخها إلى آلاف السنين. تقع هذه الطفرة في جين إلى MCM6 و المجاور لجين اللاكتيز(LCT) في الكروموسوم 2. يعتقد بأن تطور حالة بقاء اللاكتيز لدى بعض البشر البالغين هو نتيجة لانتقاء الطبيعة لهذه الطفرة لدي الشعوب و القبائل المعتمدة على الرعي و استهلاك الحليب. تختلف معدلات حالة بقاء اللاكتيز من منطقة جغرافية إلى أخرى ومن مجموعة عرقية إلى أخرى، و قد وجد أنها تصل الى أعلى معدلاتها في شمال اوروبا و في القبائل الأفريقية و العربية المتميزة بصفة الرعي. في سلطنة عمان، وجد في دراسة سابقة أن حالة بقاء اللاكتيز توجد في أعلى معدلاتها في المنطقة الجنوبية ظفار. إن تعدد الاشكال الجينية المنفردة المسببة للحالة تختلف أيضا من عرق لأخر، و تلك المسببة في ظفار و الواقعة بمعدل 0 . 74 تعرف ب 13915-G. و نظرا لتواجدها في ظفار بنسبة مرتفعة جدا، فانه من المعتقد أن أصل هذه الطفرة هو المنطقة الجنوبية من شبه الجزيرة العربية كنتيجة الانتقاء الطبيعة لهذه الصفة. في هذه الدراسة، تم تحليل عينات من الحمض النووي (DNA) من ثلاثة مجموعات عرقية عمانية:
عمانيون من عرب الشمال، عمانيون من عرب الجنوب (ظفاريون)، وعمانيون من أصل أسيوي التقدير عمر هذه الطفرة السائدة في ظفار، و للمقارنة الوراثية بين هذه المجموعات الثلاث. في هذه العينات، تم تحليل المتكررات القصيرة المترادفة (STRs)، و التي أختيرت لتغطي مساحة 118 Mb من الذراع الطويلة (g arm) للكروموسوم 2، كما تم تحليل 14 من متعددات الأشكال النووية المنفردة و التي تغطي مساحة 3 . 5 Mb من الكروموسوم و تتضمن جيئي اللاكتيز (LST) و ال MCM6. تم استخدام نتائج هذه التحاليل لاستنتاج النمط الفرداني الذي يميز كلا من المجموعات العمانية الثلاث، و لتقدير عمر الطفره المسببة لحالة بقاء اللاكتيز السائدة في ظفار. أسفرت نتائج البحث أن الظفاريين يختلفون عن المجموعتين الأخريين (عرب الشمال و العمانيون من أصل آسيوي من حيث الأنماط الفردانية التي يتميزون بها و كذلك من حيث المسافة الوراثية بينهم. و قد وجد أن المسافة الوراثية بين الظفاريين و عرب الشمال ( 0 . 001> Fsr = 0 . 529 , p ) أكبر من المسافة الوراثية بين عرب الشمال و العمانيين من أصل أسيوي (0 . 05> Fr = 0 . 0307 , p )و ذلك حول الطفرة الوراثية المسؤولة عن حالة بقاء اللاكتيز (13915-G). بالإضافة الى ذلك، وجدت الداسة دليلا وراثيا على انتقاء الطبيعة لطفرة ال 13915-G في ظفار، حيث كانت قيمة ال Fsm لهذه الطفرة هي الأعلى في ظفار بالمقارنة مع جميع الطفرات و المواقع الوراثية الأخرى المستخدمة في هذه الدراسة ( 0 . 005 = Fsr = 0 . 372 , p. )و قد توصلت الدراسة أيضا إلى أن العمر التقريبي لطفرة ال 13915-G يتراوح بين 2200 الى 5550 سنة، مما يدعم النظرية القائلة بأن أصل الطفرة يرجع الجنوب الجزيرة العربية كنتيجة لانتقاء الطبيعة.
عمانيون من عرب الشمال، عمانيون من عرب الجنوب (ظفاريون)، وعمانيون من أصل أسيوي التقدير عمر هذه الطفرة السائدة في ظفار، و للمقارنة الوراثية بين هذه المجموعات الثلاث. في هذه العينات، تم تحليل المتكررات القصيرة المترادفة (STRs)، و التي أختيرت لتغطي مساحة 118 Mb من الذراع الطويلة (g arm) للكروموسوم 2، كما تم تحليل 14 من متعددات الأشكال النووية المنفردة و التي تغطي مساحة 3 . 5 Mb من الكروموسوم و تتضمن جيئي اللاكتيز (LST) و ال MCM6. تم استخدام نتائج هذه التحاليل لاستنتاج النمط الفرداني الذي يميز كلا من المجموعات العمانية الثلاث، و لتقدير عمر الطفره المسببة لحالة بقاء اللاكتيز السائدة في ظفار. أسفرت نتائج البحث أن الظفاريين يختلفون عن المجموعتين الأخريين (عرب الشمال و العمانيون من أصل آسيوي من حيث الأنماط الفردانية التي يتميزون بها و كذلك من حيث المسافة الوراثية بينهم. و قد وجد أن المسافة الوراثية بين الظفاريين و عرب الشمال ( 0 . 001> Fsr = 0 . 529 , p ) أكبر من المسافة الوراثية بين عرب الشمال و العمانيين من أصل أسيوي (0 . 05> Fr = 0 . 0307 , p )و ذلك حول الطفرة الوراثية المسؤولة عن حالة بقاء اللاكتيز (13915-G). بالإضافة الى ذلك، وجدت الداسة دليلا وراثيا على انتقاء الطبيعة لطفرة ال 13915-G في ظفار، حيث كانت قيمة ال Fsm لهذه الطفرة هي الأعلى في ظفار بالمقارنة مع جميع الطفرات و المواقع الوراثية الأخرى المستخدمة في هذه الدراسة ( 0 . 005 = Fsr = 0 . 372 , p. )و قد توصلت الدراسة أيضا إلى أن العمر التقريبي لطفرة ال 13915-G يتراوح بين 2200 الى 5550 سنة، مما يدعم النظرية القائلة بأن أصل الطفرة يرجع الجنوب الجزيرة العربية كنتيجة لانتقاء الطبيعة.
قالب العنصر
الرسائل والأطروحات الجامعية
حجم الملف
6.67 ميغا بايت
1
0
