Effect of single mismatches at 3′–end of primers on polymerase chain reaction.

Effect of single mismatches at 3′–end of primers on polymerase chain reaction.

Author

Simsek, M.

Contributors

Adnan, H., Author

Other titles

تأثير عدم التوافق الاحادي عند نقطة الأنتنهاء الثلاثي للمواد التمهيدية في سلسلةتفاعل البوليمارز (حافز البلمرة)

Publisher

College of Medicine, Sultan Qaboos University.

Gregorian

2000-01

Language

English

Subject

Polymerase chain reaction

Globin

English abstract

Objective and Method – To investigate the effect of three different mismatches (G/T, G/A or G/G) at the 3•– end of a primer to amplify a 268 bp (base pair) region of the human •–globin gene using different annealing temperatures (45 to 65•C). Results – The primer with the G/T mismatch was as efficient as the normal primer (G/C match) in the amplification of a 268 bp product at all temperatures tested. However, the primers having G/A or G/G mismatches at the 3'- end did not produce any specific polymerase chain reaction (PCR) fragment at all the annealing temperatures used, except a barely detectable 268 bp product for the G/G mismatch at 45 and 50•C. Conclusion – We conclude that our PCR system was refractory to amplification when one of the primers contained a G/A or G/G mismatch at the 3•–end with template DNA.

Member of

Journal articles

Resource URL

https://hdl.handle.net/20.500.12408/11682

https://journals.squ.edu.om/index.php/squmj/article/view/1188

Arabic abstract

الهدف: معرفة مدى تأثير ثلاثة أنواع من عدم التوافق بين قواعد الحمض النووي (بيتاجين الهيموجلوبين) وقواعد الانتهاء الثلاثي للمحفز. الطريقة والنتائج: ظهر أن الارتباط الذي حدث بين زوجي القواعد الثلاث (ج/ج،ت/ج،أ/ج) ساعد في عمليةالتكاثر السريع للمنطقةالمنشودة في جين بيتا الهيموجلوبين (الهدف)، وهي منطقةتحتوي على 268 قاعدة حامض نووي مزدوج، وذلك باستخدام سلسلةمن درجات الحرارة تراوحت بين 45 و 65 درجةمئوية، وهي ما تعرف بدرجة حرارة التلاحم المتماثل. تلاحم قاعدتي المحفز والهدف (ت/ج) كان قويا مثل التلاحم الطبيعي الذي يحدث بين قاعدتي (س/ج) حدث هذا التلاحم في آل درجات الحرارة المذآورة سلفا.لم ينتج من التحام القواعد الأخرى ( ج/ج أو أ/ج) أي تفاعل يذآر
سوى التفاعل الضعيف للقاعدة ج/ج عند درجتي حرارة 45 و 50 درجةمئوية.
الخلاصة: ان المحفزين اللذين أمكنهما التفاعل هما زوجى القواعد ( أ/ج و ج/ج ) وقد تم التفاعل مع المنطقةالمنشودةمن جين بيتا الهيموجلوبين.