Document
Occurrence, molecular characterization and potential sources of citrus tristeza virus (CTV) in Oman.
Publisher
Sultan Qaboos University
Gregorian
2011
Language
English
Subject
English abstract
Citrus Tristeza is the most serious viral disease of citrus in the world. Due to the lack of information about Citrus Tristeza Virus (CTV) in Oman, this study was conducted to characterize distribution, host range, strains and potential sources of CTV in the country.
A survey over 2009 and 2010 that covered 22 different districts and 577 citrus trees in
Oman showed that CTV occurs in most (20) of the surveyed districts in Oman, from
Salalah in the South to Musandam in the far North. A higher percentage of infection
with CTV in lime was detected in the Northern part of Oman (15-47%) compared to the South (0-12%). Citrus species which tested positive for CTV included acid lime, sweet lime, sweet lemon, citron, mandarin and sweet orange. Symptoms of CTV which were detected in different farms during the survey included stem pitting, honeycombing, stunting, leaf curling and cupping and vein clearing.
Further analysis was conducted for 21 randomly selected CTV positive lime samples
using bi-directional reverse transcription-polymerase chain reaction (bi-directional RT
PCR) of the coat protein (CP) gene with the use of HCP1, HCP2, CP3, and CP4 primers.
The analysis showed that 16 samples have severe strains of CTV while the rest (5
samples) were co-infected with severe and mild strains. Cloning and sequencing the CP gene of 4 severe isolates showed that the isolates share over 99.6% nucleotide similarity with each other. Isolates from Oman were found to have up to 99.1% nucleotide similarity with isolate C9E (AY896570) from New Zealand. Phylogenetic analysis of CTV isolates from Oman showed that they belong to CTV Group 4, a group which is known to contain worldwide isolates causing stem pitting and sudden decline in different citrus species.
The study also investigated whether nurseries act as a source of CTV into Oman. > 0 ST .
Investigating the occurrence of CTV in 119 nursery seedlings imported from abroad or propagated locally showed that 53 (45%) seedlings were infected with CTV. CTV was detected in citrus seedlings originating from Syria, Lebanon, India, Pakistan, Egypt and Oman.
Due to the wide distribution of CTV in Oman and the continuous introduction of CTV
from different countries, the study suggests a number of management options tocombat the problem. This includes avoiding the use of susceptible rootstocks (e.g. sour orange) as well as implementing strict quarantine measures in order to reduce the introduction of sever CTV strains into farms in Oman.
Member of
Resource URL
Arabic abstract
يعد مرض الترستيزا في الحمضيات (CTV) من أخطر الأمراض الفيروسية التي تصيب أشجار الحمضيات في العالم. نظرا لعدم وجود معلومات كافية عن هذا المرض في السلطنة، فقد أجريت هذه الدراسة لتحديد التوزع الجيوغرافي للمرض، و انواع الحمضيات المصابة، و سلالات الفيروس المتواجدة بالسلطنة و المصادر المحتملة النقل فيروس الترستيزا للسلطنة. أظهر المسح الذي أجري في السلطنة خلال عامي ۲۰۰۹ و ۲۰۱۰ الذي غطى ۲۲ ولاية وشمل عدد ۵۷۷ من أشجار الحمضيات، أن فيروس الترستيزا يتواجد في ۲۰ ولاية، من صلالة في الجنوب الى مسندم في الشمال، كما وجد أن هناك نسبة عالية من الإصابة بفيروس الترستيزا في الليمون العماني تم الكشف عنها في المناطق الشمالية في السلطنة (15-47%) بالمقارنة مع المناطق الجنوبية (۰-۱۲%). وقد شملت الإصابة بالفيروس (CTV) أنواعا أخرى من الحمضيات وهي الليمون الحلو، والشخاخ، والبالنج، والسنترة، والبرتقال. وقد تم رصد بعض من أعراض الإصابة بهذا الفيروس خلال المسح وهي التقزم، تنقر اللحاء و تكون أخاديد وتنقرات على الأفرع والجذع واصفرار الأوراق وانكماشها.
كذلك أجري مزيد من التحليل للعينات الايجابية والتي تم اختيار ۲۱ عينة عشوائية منها و ذلك باستخدام طريقة تفاعل البلمرة المتسلسل ( bi - directional RT - PCR ) لدراسة الجين المتحكم بالغلاف البروتيني لفيروس الترستيزا. أظهر التحليل أن ۱۹ عينة منها مصابة بسلالة شديدة الخطورة و ه منها تحمل نوعين من سلالة فيروس (CTV): شديدة الخطورة وضعيفة. وعند استنساخ الجين المتحكم بالغلاف البروتيني لفيروس الترستيزا ومن ثم مقارنة تسلسل القواعد الجينية مع التسلسلات الأخرى للجين المتحكم بالغلاف البروتيني لفيروس (CTV) المنشورة في البنك الوراثي وجد تماثل يصل إلى ۹۹٫1 لنفس الفيروس مع سلالة AY896570 ) C9E من نيوزيلاند، بينما وصل التشابه بين 4 من سلالات الفيروس من السلطنة إلى ۹۹٫6%. وعند تحليل النشوء والتطور السلالات الفيروس من السلطنة أظهرت التحاليل أنهم ينتمون إلى المجموعة 4 من المجموعات المعروفة للترستيزا (CTV والتي تسبب التدهور السريع بالإضافة إلى تنقر اللحاء في أنواع مختلفة من الحمضيات.
كما شملت الدراسة أيضا التحقق في ما إذا كانت المشاتل تمثل مصدرا لنقل فيروس الترستيزا (CTV) إلى سلطنة عمان. حيث أظهر التحليل الكشف عن الإصابة في 53 من أصل ۱۱۹ شتلة مستوردة من الخارج أو مطعمة محليا حيث تم الكشف عن فيروس الترستيزا في شتلات الحمضيات القادمة من سوريا ولبنان والهند وباكستان ومصر وكذلك المكائرة محليا.
نظرا للانتشار الواسع لفيروس الترستيزا في السلطنة ودخول الفيروس عن طريق الشتلات المستوردة إلى عمان، فان الدراسة توصي باستخدام عدد من الخيارات لمكافحة هذا الفيروس، والتي تشمل على تجنب استخدام الأصول الحساسة (مثل البرتقال الحامض) وكذلك تنفيذ تدابير الحجر الزراعي الصارمة من أجل الحد من إدخال سلالات (CTv) شديدة الخطورة إلى المزارع في عمان.
كذلك أجري مزيد من التحليل للعينات الايجابية والتي تم اختيار ۲۱ عينة عشوائية منها و ذلك باستخدام طريقة تفاعل البلمرة المتسلسل ( bi - directional RT - PCR ) لدراسة الجين المتحكم بالغلاف البروتيني لفيروس الترستيزا. أظهر التحليل أن ۱۹ عينة منها مصابة بسلالة شديدة الخطورة و ه منها تحمل نوعين من سلالة فيروس (CTV): شديدة الخطورة وضعيفة. وعند استنساخ الجين المتحكم بالغلاف البروتيني لفيروس الترستيزا ومن ثم مقارنة تسلسل القواعد الجينية مع التسلسلات الأخرى للجين المتحكم بالغلاف البروتيني لفيروس (CTV) المنشورة في البنك الوراثي وجد تماثل يصل إلى ۹۹٫1 لنفس الفيروس مع سلالة AY896570 ) C9E من نيوزيلاند، بينما وصل التشابه بين 4 من سلالات الفيروس من السلطنة إلى ۹۹٫6%. وعند تحليل النشوء والتطور السلالات الفيروس من السلطنة أظهرت التحاليل أنهم ينتمون إلى المجموعة 4 من المجموعات المعروفة للترستيزا (CTV والتي تسبب التدهور السريع بالإضافة إلى تنقر اللحاء في أنواع مختلفة من الحمضيات.
كما شملت الدراسة أيضا التحقق في ما إذا كانت المشاتل تمثل مصدرا لنقل فيروس الترستيزا (CTV) إلى سلطنة عمان. حيث أظهر التحليل الكشف عن الإصابة في 53 من أصل ۱۱۹ شتلة مستوردة من الخارج أو مطعمة محليا حيث تم الكشف عن فيروس الترستيزا في شتلات الحمضيات القادمة من سوريا ولبنان والهند وباكستان ومصر وكذلك المكائرة محليا.
نظرا للانتشار الواسع لفيروس الترستيزا في السلطنة ودخول الفيروس عن طريق الشتلات المستوردة إلى عمان، فان الدراسة توصي باستخدام عدد من الخيارات لمكافحة هذا الفيروس، والتي تشمل على تجنب استخدام الأصول الحساسة (مثل البرتقال الحامض) وكذلك تنفيذ تدابير الحجر الزراعي الصارمة من أجل الحد من إدخال سلالات (CTv) شديدة الخطورة إلى المزارع في عمان.
Category
Theses and Dissertations