Document
Screening for p53 mutations using archival materials in an Omani cohort with diffuse large B-cell lymphoma.
Publisher
Sultan Qaboos University
Gregorian
2011
Language
English
English abstract
Non Hodgkin Lymphoma (NHL) is a malignant neoplasm of lymphoid cells, considered the third most common malignancy in Oman. Number of factors such as infection, immunosuppression, genetic and environmental factors can contribute to increase the risk of NHL. Among the NHL different subtypes, Diffuse Large B-Cell Lymphoma (DLBCL) is the most common worldwide and accounts for 40%, whereas in Oman and other developing countries it accounts for about 60% of NHL. DLBCL is an aggressive form of NHL characterized by heterogeneous morphology, phenotype, molecular and outcomes.
Several tumors including NHL have been reported to harbor p53 mutations within a highly conserved region of the gene, Transformed cases of DLBCL (t-DLBCL) apparently display the highest rate of P53 mutations. We screened for p53 mutations in an Omani cohort of patients with DLBCL using PCR and sequence analysis on archival paraffin embedded material to validate previous immunohistochemistry data.
Twenty three formalin fixed paraffin embedded tissue blocks and 21 blood samples from patients with DLBCL were processed for DNA analysis. An additional ten samples from individuals with no history of DLBCL were used as controls. DNA extraction from paraffin embedded tissues was performed using the phenol/chloroform method. Exons 4 to 9 of the p53 gene were amplified and subjected to sequence analysis. Furthermore, immunohistochemistry using an antibody cross reacting with both mutant and wild type p53 was performed.
Sixty two percent (13/21) of blood samples showed a polymorphism in codon 72 (SNP72) of exon 4, whereas in control samples it was found in 90% (9/10) of the cases (p=0.086). Eight cases from paraffin embedded material showed deletion in p53, three of which were t-DLBCL. Two cases (2/23) showed missense mutations leading to Val 143 Leu, Leu 145 Thr, Try 146 Arg and Thr 150 Arg amino acid changes. No aberration was detected in the remaining 13 patients. Sixteen cases (69.5%) were stained positively using immunohistochemistry analysis, suggesting the presence of mutant type of p53 protein,
Deletions in p53 gene were found to be common aberration in this study while immunohistochemistry displayed a higher percentage of p53 mutation. SNP72 was not found to be associated with development of DLBCL.
Member of
Resource URL
Arabic abstract
الغير هودجكن ليمفوما عبارة عن الأورام الخبيثة للخلايا اللمفاوية ويعتبر ثاني أنواع السرطانات شيوعا في عمان. هناك عدة عوامل تساعد في زيادة خطر الإصابة بهذا النوع من السرطان ومن هذه العوامل: التهابات، وكبت المناعة، و عوامل وراثية وبيئية أخرى. ومن بين الأنواع المختلفة لهذا المرض فإن النوع (بي) العدواني يعتبر النوع الأكثر شيوعا في العالم ويمثل نسبة 40% من أنواع الغير هودجكن ليمفوما . بينما في عمان والدول النامية يمثل نسبة 60% من الغير هودجكن ليمفوما عدة أورام ومن ضمنها الغير هودجكن ليمفوما تتضمن طفرات في الأماكن الأكثر تأثرا للجين 53م . الحالات المحولة من سرطان الغدد الليمفاوية الغير هودجكن من النوع (بي) العدواني يضم نسبة عاليه من الطفرات في الجين.
الهدف من الدراسة هوالكشف عن الطفرات التي تؤثر على الجين p53 باستخدام عينات الأنسجة من مرضی عمانيين مصابين بالغير هودجكن ليمفوما (بي) العدواني للتحقق من صحة البيانات الواردة من دراسة سابقة (المناعي الكيميائي للأنسجة التي بينت وجود نسبة عالية من الطفرات في البروتين p53.
تم استخلاص الحمض النووي (DNA) من 23 عينة نسيج و 21 عينة دم باستخدام طريقة الفينولكلورفورم. تم أيضا استخلاص الحمض النووي من عشرة عينات من أفراد لم يتم تشخيصهم بالمرض من قبل (عينات ضبط الجودة). تم تضخيم الإكسونات (94) من الجين p53 باستخدام سلسلة تفاعلات البوليميرز وحلل التسلسل الجيني ل p53 وكذلك استخدمت طريقة التحليل المناعي الكيميائي للأنسجة باستخدام الأجسام المضادة التي تتفاعل مع البروتين (سوا العام او المتأثر بالطفرة) أظهرت النتائج أن 62% (13\ 21) من عينات الدم تحمل طفرة (SNP72) في الجين في كودون 72 من اكسون 4 بينما 90% (9\10) من عينات ضبط الجودة تحمل نفس الطفرة وقيمة الاحتمال تساوي 0 . 086 بالنسبة لعينات الأنسجة ، أظهرت النتائج بان 34 . 8 % (8\23) من العينات تحتوي على حذف ( deletion) في إحدى اكسونات الجين p53 . كذلك أظهرت نتائج تحليل التسلسل اللجين عن وجود طفرة في حالتين من ال 23 حالة تؤدي إلى تغيير الحمض الأميني في عدة مواقع في الأكسون (5) كمثال على ذلك تغير من Val143Leu , Leu145Thr , Thr 150 Arg , Thr Arg 146. وبينت نتائج تحليل التسلسل الجيني لبقية العينات ( 13) على عدم وجود أي طفرات أخرى. أظهرت نتائج التحليل المناعي الكيميائي للأنسجة عن وجود 16 (69 . 5 %) حالة ايجابية وهذا يدل على وجود بروتين p53 المتأثر بالطفرة. بينت نتائج الدراسة أن حالات الحذف في اکسونات الجين هي السائدة. بينما اظهر التحليل المناعي الكيميائي أن نسبة عالية من البروتين متاثر بالطفرة. وأثبتت الدراسة أن SNP72 ليس له أي علاقة مع تطور(DLBCL).
الهدف من الدراسة هوالكشف عن الطفرات التي تؤثر على الجين p53 باستخدام عينات الأنسجة من مرضی عمانيين مصابين بالغير هودجكن ليمفوما (بي) العدواني للتحقق من صحة البيانات الواردة من دراسة سابقة (المناعي الكيميائي للأنسجة التي بينت وجود نسبة عالية من الطفرات في البروتين p53.
تم استخلاص الحمض النووي (DNA) من 23 عينة نسيج و 21 عينة دم باستخدام طريقة الفينولكلورفورم. تم أيضا استخلاص الحمض النووي من عشرة عينات من أفراد لم يتم تشخيصهم بالمرض من قبل (عينات ضبط الجودة). تم تضخيم الإكسونات (94) من الجين p53 باستخدام سلسلة تفاعلات البوليميرز وحلل التسلسل الجيني ل p53 وكذلك استخدمت طريقة التحليل المناعي الكيميائي للأنسجة باستخدام الأجسام المضادة التي تتفاعل مع البروتين (سوا العام او المتأثر بالطفرة) أظهرت النتائج أن 62% (13\ 21) من عينات الدم تحمل طفرة (SNP72) في الجين في كودون 72 من اكسون 4 بينما 90% (9\10) من عينات ضبط الجودة تحمل نفس الطفرة وقيمة الاحتمال تساوي 0 . 086 بالنسبة لعينات الأنسجة ، أظهرت النتائج بان 34 . 8 % (8\23) من العينات تحتوي على حذف ( deletion) في إحدى اكسونات الجين p53 . كذلك أظهرت نتائج تحليل التسلسل اللجين عن وجود طفرة في حالتين من ال 23 حالة تؤدي إلى تغيير الحمض الأميني في عدة مواقع في الأكسون (5) كمثال على ذلك تغير من Val143Leu , Leu145Thr , Thr 150 Arg , Thr Arg 146. وبينت نتائج تحليل التسلسل الجيني لبقية العينات ( 13) على عدم وجود أي طفرات أخرى. أظهرت نتائج التحليل المناعي الكيميائي للأنسجة عن وجود 16 (69 . 5 %) حالة ايجابية وهذا يدل على وجود بروتين p53 المتأثر بالطفرة. بينت نتائج الدراسة أن حالات الحذف في اکسونات الجين هي السائدة. بينما اظهر التحليل المناعي الكيميائي أن نسبة عالية من البروتين متاثر بالطفرة. وأثبتت الدراسة أن SNP72 ليس له أي علاقة مع تطور(DLBCL).
Category
Theses and Dissertations