Document

Visualization and quantification of a root system using computed tomography scanning.

Publisher
Sultan Qaboos University
Gregorian
2003
Language
English
English abstract
Plants are dependent on their root systems for supplying necessary nutrients and water and for providing anchorage. The complicated nature of the root system drives the interest for exploring the root system in-situ. However, the root system is commonly obstructed by the opaque medium in which they grow thus making an objective assessment of its properties that control the plant growth impossible. Accordingly, in order to see the root system as it exists in the soil with no disruption to its formation or to the roots surrounding, a non-disturbing visualizing technique is required. This study presents the visualization of the plant root system of chickpea using a Computed Tomography (CT) scanner. It focuses on the implementation of the CT scanning technique, combined with computer codes developed in the PV-WAVE programming language, for visualizing, quantifying and studying the different properties of root system non-destructively. This study showed the potential for investigating root properties of chickpea using the CT scanner. However, a comparison of the morphometric and non destructive visualizations showed some differences, probably due to the resolution of the CT scanner output which was limited to 0.35 mm for one pixel. More precisely, visualization from the isoroot_jo.pro using CT matrices remained incomplete when compared to the actual root system. However, the quantification of the roots was giving the detailed information of the roots. Eighty percent of the root branches were detected by the Branjo.pro computer program and characteristics of each branch was documented. These results are smaller than the actual root lengths. Again, this is attributed to the resolution of the CT scanner. Additional root properties were estimated and documented using PV-WAVE,
Arabic abstract
تعتمد الثبتة على المجموع الجذري للحصول على غذائها و دعمها الضروريين. للجذور خواص فيزيائية غير مرئية تتحكم في نمو الثبات . يقود المجموع الجذري المعقد هذا بما فيه من علاقات مع البيئة المحيطة به اهتمام استكشافه في موقعه لتلمسه على حقيقته في التربة دون التأثير على تكوينه أو على البيئة المحيطة. لذلك تقدم هذه الدراسة تخيل لجذورلثبات الحمص باستخدام جهاز الأشعة المقطعية. تركز هذه الدراسة على تطبيق تقنية الأشعة المقطعية لمسح الجذور ودراستها وذلك بمساعدة لغة برمجة -PV WAVE لدراسة خصائص الجذور المختلفة. سمح الإستخدام الشامل لجهاز الأشعة المقطعية و PV - WAVE ، بالتخيل و قیاس مجموع جذور النبات بدون أي تدمير أو تغيير لها و لخصائصها. وجد بمقارنة الجذور الفعلية و الجذور المتخيلة وجه شبه كبير ما عدا تلك الجذور التي تقل مقاساتها عن ۰٫۳۵ ملم. وربما نتج هذا عن جهاز الأشعة المقطعية و كذلك نظرا لمقاس حجم الخلية والتي لجهاز الأشعة المقطعية دور في تحديدها. وقد وجد من خلال عمل القياسات اللامة للجذور بواسطة البرمجة أن حوالي 80% من الجذور يمكن استخلاصها. تخيل الجذور من جهاز الأشعة المقطعية كان شبيها إلى حد ما إلى الواقع الفعلية حيث كان القياس قريبا جدا من العد الفعلي لعدد مجموع الجذور . الخصائص المختلفة للجذور قيست بواسطة برمجة ال PV - WAVE
Category
Theses and Dissertations