Document
Diversity of tetracycline resistant genes of Escherichia coli from environmental samples in Oman
Publisher
Sultan Qaboos University
Gregorian
2013
Language
English
English abstract
Tetracycline resistance is increasing dramatically and represents a serious worldwide environmental issue. One hundred and eighteen Escherichia coli isolates from three different sources: chicken, human and treated sewage effluent (TSE) have been collected. Out of these 118 isolates, 65 E. coli strains (55%) were resistant to tetracycline. The resistant isolates have been identified by their protein patterns using Matrix Assisted Laser Desorption Ionization-Time of Flight (MALDI) Mass Spectrometry Biotyper and 16S rRNA sequencing both techniques confirmed the identification of E. coli isolates. Single
and multiplex PCR have been applied to screen the isolates for 14 tet genes and found to be positive for 7 of them which are: tet (A, B, C, M, Q, W, 32). Five of the 7 positive genes tet (A, B, C, M, 32) have been sequenced successfully and their identity confirmed through BLAST @ NCBL Among the resistant isolates, tet A was the most detected gene (83%) followed by tet B (78.5%) and then tet 32 (38.5%). The rest tet determinants occurred at very low frequency. Many strains contained multiple determinants to resist tetracycline. Some strains contained 4 resistant genes tet (A/B/C/32) and tet (A/B/M/32) according to the literature the 4 tet gene combination is reported only in this study. The isolates showed a high variation of tet gene combination. The increased resistance of tetracycline and high variation in Tc genes is an indication of the abuse of this antibiotic and strict regulation needs to be implemented for control of its application.
Description
Thesis
Member of
Resource URL
Arabic abstract
لقد تم تجميع 118 عينة بكتيريا من نوع Escherichia coli من ثلاثة مصادر مختلفة وهي: الإنسان و الدجاج ومياه الصرف الصحي، تم إختبار مدى مقاومة هذه العينات المضاد الحيوي من خلال تعريضها للمضاد الحيوي تتراسيكلين ومن بين 118 عينة تم فحصها أثبتت 65 عينة (55%)
مقاومتها لهذا المضاد . تم إستخدام تقنيتين للتثبت من هوية العينات المقاومة وهما Matrix Assisted Laser Desorption Ionization-Time of Flight (MALDI) Mass Spectrometry Biotyper 16S rRNA sequencing، كلتا التقنيتين أثبتت أن العينات تنتمي إلى نوع Escherichia coli. للتعرف على 14 جين من الجينات المقاومة تم استخدام طريقتين من سلسلة تفاعلات البلمرة (PCR) المفرد والمتعدد وتم الحصول على نتائج ايجابية د7 جينات منها كالآتي: , tet ( A , B , C , M , Q (32 ,W. تم تحليل 5 جينات منها بنجاح (32 , A , B , C , M بإستخدام DNA sequencing وتم التأكد من هويتها. tet A كان واسع الانتشار بنسبة تصل إلى 83% ويأتي tet B في المرتبة الثانية بنسبة 78. 5 % وفي المرتبة الثالثة 32 tet بنسبة 38. 5 %، أما الجينات الأخرى فقد كانت متواجدة بنسب ضئيلة جدا. لوحظ في هذه الدراسة أن العينات التي تحمل أكثر من جين واحد للمقاومة (جينات متعددة منتشرة بنسبة أكبر من العينات التي تحمل جين مفرد. أظهرت بعض العينات احتوائها على 4 جينات في آن واحد وهي (32/ tet ( A / B / C و (32/ tet ( A / B / M ووفقا للمقالات العلمية ذكرت العينات التي تحمل 4 جينات في هذه الدراسة فقط. أظهرت العينات تنوعا كبيرا من حيث مجموعة الجينات. ارتفاع نسبة المقاومة للتراسيكلين وتنوع مجموعة الجينات دليل واضح على سوء استخدام هذا المضاد الحيوي مما يستدعي تطبيق قوانين صارمة للتحكم في استخداماته.
مقاومتها لهذا المضاد . تم إستخدام تقنيتين للتثبت من هوية العينات المقاومة وهما Matrix Assisted Laser Desorption Ionization-Time of Flight (MALDI) Mass Spectrometry Biotyper 16S rRNA sequencing، كلتا التقنيتين أثبتت أن العينات تنتمي إلى نوع Escherichia coli. للتعرف على 14 جين من الجينات المقاومة تم استخدام طريقتين من سلسلة تفاعلات البلمرة (PCR) المفرد والمتعدد وتم الحصول على نتائج ايجابية د7 جينات منها كالآتي: , tet ( A , B , C , M , Q (32 ,W. تم تحليل 5 جينات منها بنجاح (32 , A , B , C , M بإستخدام DNA sequencing وتم التأكد من هويتها. tet A كان واسع الانتشار بنسبة تصل إلى 83% ويأتي tet B في المرتبة الثانية بنسبة 78. 5 % وفي المرتبة الثالثة 32 tet بنسبة 38. 5 %، أما الجينات الأخرى فقد كانت متواجدة بنسب ضئيلة جدا. لوحظ في هذه الدراسة أن العينات التي تحمل أكثر من جين واحد للمقاومة (جينات متعددة منتشرة بنسبة أكبر من العينات التي تحمل جين مفرد. أظهرت بعض العينات احتوائها على 4 جينات في آن واحد وهي (32/ tet ( A / B / C و (32/ tet ( A / B / M ووفقا للمقالات العلمية ذكرت العينات التي تحمل 4 جينات في هذه الدراسة فقط. أظهرت العينات تنوعا كبيرا من حيث مجموعة الجينات. ارتفاع نسبة المقاومة للتراسيكلين وتنوع مجموعة الجينات دليل واضح على سوء استخدام هذا المضاد الحيوي مما يستدعي تطبيق قوانين صارمة للتحكم في استخداماته.
Category
Theses and Dissertations